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元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学。辛未，陈于宣阳门外。军中相惊，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人拔刀随后大呼曰：“放仗！”军人皆崩溃，元显乘马走入东府，唯张法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之。元显曰：“为王诞、张法顺所误耳。”
壬申，复隆安年号，帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严，以玄总百揆、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺。玄以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。谧，导之孙也。新安太守殷仲文，觊之弟也，玄姊为仲文妻。仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为咨议参军。刘迈往见玄，玄曰：“汝不畏死，而敢来邪？”迈曰：“射钩斩祛，并迈为三。”玄悦，以为参军。
癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市，诏徙安成郡；斩元显及东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰等于建康市。桓修为王诞固请，得流岭南。
玄以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣！”刘敬宣请归谕牢之，使受命，玄遣之。敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫不决，移屯班渎，私告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”裕曰：“将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。”何无忌谓裕曰：“我将何之？”裕曰：“吾观镇北必不免，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
于是牢之大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兖州，近日反司马郎君，今复反桓公；一人三反，何以自立！”语毕，趋出，佐吏多散走。牢之惧，使敬宣之京口迎家；失期不至，牢之以为事已泄，为玄所杀，乃帅部曲北走，至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。将吏共殡敛牢之，以其丧归丹徒。玄令斫棺斩首，暴尸于市。
大赦，改元大亨。
桓玄让丞相荆、江、徐三州，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，总百揆；以琅邪王德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，各以子弟为质于秦以求救。秦王兴与之符信，使于关东募兵，得数千人，复还屯彭城间。
孙恩寇临海，临海太守辛景击破之，恩所虏三吴男女，死亡殆尽。恩恐为官军所获，乃赴海死，其党及妓妾从死者以百数，谓之“水仙”。馀众数千人复推恩妹夫卢循为主。循，谌之曾孙也，神采清秀，雅有材艺。少时，沙门惠远尝谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”太尉玄欲抚安东土，乃以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。甲戌，燕大赦。
河西王秃发利鹿孤寝疾，遣令以国事授弟傉檀。初，秃发思复韐爱重傉檀，谓诸子曰：“傉檀器识，非汝曹所及也。”故诸兄不以传子而传于弟。利鹿孤在位，垂拱而已，军国大事皆委于傉檀。利鹿孤卒，傉檀袭位，更称凉王，改元弘昌，迁于乐都，谥利鹿孤曰康王。
夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，诏许之，而大政皆就咨焉，小事则决于尚书令桓谦及卞范之。
自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。
乞伏炽磐自西平逃归苑川，南凉王傉檀归其妻子。乞伏乾归使炽磐入朝于秦，秦主兴以炽磐为兴晋太守。
五月，卢循自临海入东阳，太尉玄遣抚军中兵参军刘裕将兵击之，循败，走永嘉。
高句丽攻宿军，燕平州刺史慕容归弃城走。
秦主兴大发诸军，遣义阳公平、尚书右仆射狄伯支等将步骑四万伐魏，兴自将大军继之，以尚书令姚晃辅太子泓守长安，没弈干权镇上邽，广陵公钦权镇洛阳。平攻魏乾壁六十馀日，拔之。秋，七月，魏主珪遣毗陵王顺及豫州刺史长孙肥将六万骑为前锋，自将大军继发以击之。
八月，太尉玄讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子昻，桂阳封其兄子俊。
魏主珪至永安，秦义阳公平遣骁将帅精骑二百觇魏军，长孙肥逆击，尽禽之。平退走，珪追之，乙巳，及于柴壁。平婴地固守，魏军围之。秦王兴将兵四万七千救之，将据天渡运粮以馈平。魏博士李先曰：“兵法：高者为敌所栖，深者为敌所囚。今秦皆犯之，宜及兴未至，遣奇兵先据天渡，柴壁可不战而取也。”珪命增筑重围，内以防平之出，外以拒兴之入。广武将军安同曰：“汾东有蒙坑，东西三百馀里，蹊径不通。兴来，必从汾西直临柴壁；如此，虏声势相接，重围虽固，不能制也。不如为浮梁，渡汾西，筑围以拒之。虏至，无所施其智力矣。”珪从之。兴至蒲阪，惮魏之强，久乃进兵。甲子，珪帅步骑三万逆击兴于蒙坑之南，斩首千馀级，兴退走四十馀里，平亦不敢出。珪乃分兵四据险要，使秦兵不得近柴壁。兴屯汾西，赁壑为垒，束柏村从汾上流纵之，欲以毁浮梁，魏人皆钩取以为薪蒸。
冬，十月，平粮竭矢尽，夜，悉众突西南围求出；兴列兵汾西，举烽鼓噪为应。兴欲平力战突免，平望兴攻围引接，但叫呼相和，莫敢逼围。平不得出，计穷，乃帅麾下赴水死，诸将多从平赴水；珪使善游者钩捕之，无得免者。执狄伯支及越骑校尉唐小方等四十馀人，馀众二万馀人皆敛手就禽。兴坐视其穷，力不能救。举军恸哭，声震山谷。数遣使求和于魏，珪不许，乘胜进攻蒲阪，秦晋公绪固守不战。会柔然谋伐魏，珪闻之，戊申，引兵还。
或告太史令晁崇及弟黄门侍郎懿潜召秦兵，珪至恶阳，赐崇、懿死。
秦徙河西豪右万馀户于长安。
太尉玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦从兄朗之、刘袭并袭弟季武，皆刘牢之北府旧将也。袭兄冀州刺史轨邀司马休之、刘敬宣、高雅之等共据山阳，欲起兵攻玄，不克而走，将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等皆往从之。将奔魏，至陈留南，分为二辈：轨、休之、敬宣奔南燕；虔之、寿、长庆、恭奔秦。
魏主珪初闻休之等当来，大喜。后怪其不至，令兖州求访，获，其从者，问其故，皆曰：“魏朝威声远被，是以休之等咸欲归附；既而闻崔逞被杀，故奔二国。”珪深悔之。自是士人有过，颇见优容。
南凉王傉檀攻吕隆于姑臧。
燕王熙纳故中山尹苻谟二女，长曰娀娥，为贵人，幼曰训英，为贵嫔，贵嫔尤有宠。丁太后怨恚，与兄子尚书信谋废熙立章武公渊。事觉，熙逼丁太后自杀，葬以后礼，谥曰献幽皇后。十一月，戊辰，杀渊及信。
辛未，熙畋于北原，石城令高和与尚方兵于后作乱，杀司隶校尉张显，入掠宫殿，取库兵，胁营署，闭门乘城。熙驰还，城上人皆投仗开门；尽诛反者，唯和走免。甲戌，大赦。
魏以庾岳为司空。
十二月，辛亥，魏主珪还云中。
柔然可汗社仑闻珪伐秦，自参合陂侵魏，至豺山，及善无北泽，魏常山王遵以万骑追之，不及而还。
太尉玄使御史杜林防卫会稽文孝王道子至安成，林承玄旨，鸩道子，杀之。
沮渠蒙逊所署西郡太守梁中庸叛，奔西凉。蒙逊闻之，笑曰：“吾待中庸，恩如骨肉，而中庸不我信，但自负耳，孤岂在此一人邪！”乃尽归其孥。西凉公暠问中庸曰：“我何如索嗣？”中庸曰：“未可量也。”暠曰：“嗣才度若敌我者，我何能于千里之外以长绳绞其颈邪？”中庸曰：“智有短长，命有成败。殿下之与索嗣，得失之理，臣实未之能详。若以身死为负，计行为胜，则公孙瓒岂贤于刘虞邪？”暠默然。
袁虔之等至长安，秦王兴问曰：“桓玄才略何如其父？卒能成功乎？”虔之曰：“玄乘晋室衰乱，盗据宰衡，猜忌安忍，刑赏不公。以臣观之，不如其父远矣。玄今已执大柄，其势必将篡逆，正可为他人驱除耳。”兴善之，以虔之为广州刺史。
是岁，秦王兴立昭仪张氏为皇后，封子懿、弼、洸、宣、谌、愔、璞、质、逵、裕、国儿皆为公，遣使拜秃发傉檀为车骑将军、广武公，沮渠蒙逊为镇西将军、沙州刺史、西海侯，李暠为安西将军、高昌候。
秦镇远将军赵曜帅二万西屯金城，建节将军王松匆帅骑助吕隆守姑臧。松匆至魏安，傉檀弟文真击而虏之。傉檀大怒，送松匆还长安，深自陈谢。