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淘汰老弱兵痞，留下精壮充实军伍，超出七万实兵的部分或给钱粮遣送回乡，或编入屯田队入广西、云南等地屯垦，为军队提供军粮，算是废物利用了，广西、云南现在人烟凋敝，地广人稀，有的是地给他们开垦。
在原本的历史上张献忠在川北被清兵射杀后，孙可望与李定国等率大西军余部南下攻占云贵一带，屯田练兵三年，兵力狂增数倍，这才有了与清兵决战的资本，有了两蹶名王的辉煌。
通过整编，刘泽清、刘良佐、许定国等部直接缩编到了三四千到七八千人不等，每个营头都安插了大量御营老卒充作军官，在平左之战中立下重大功勋的御营军将都得到了提拔。
黄得功和高杰部比较特殊，待遇不但没有降低，反而每年各增饷二十万两，不过有得到也必然将有付出，朝廷向其军派了两个督军使和两个镇抚使，专司负责军纪整顿和后勤转运，及所部千余辅兵，督兵。
其中入了黄得功部的督军使为原长江水师营督军使张家玉、入了高杰部的督军使为原忠武镇督军使陈邦彦，两人的官衔不变，属于平调性质，他们要能力有能力，要魄力有魄力，两镇有他们监督，将极大增强朝廷对这个强藩的控制力，两镇以后再想为所欲为，难矣。
对于其他可以整编的大小藩镇，朝廷就整顿的非常彻底了，所有原镇总兵副将的亲信部属不是被处决就是被调离了，取而代之的是大量御营忠武镇将校。
原忠武镇甲营游击、马雄副手刘承俊升参将，负责统带许定国的四千余部，移镇扬州，归堵胤锡直接辖制。
忠武镇乙营游击、阎应元副手陈明遇升参将，负责统带刘良佐余部六千余人；移镇淮安。
忠武镇乙营游击骑将李三石，功勋着著，连升两级，为副将，负责统带刘泽清余部一万余人。移镇滁州、和州。
而原来驻守在三省枢纽之地——徐州的高杰部则移镇河南归德府。
原来驻守在滁州、和州一带的黄得功部，则移镇徐州。
通过移镇、掺沙子和整编军伍、卡后勤粮饷等等手段，极大的加强了朝廷对江北四镇余部的控制力，并提升了军队的凝聚力。
而且一旦整编成功，朝廷将省下至少一半的军饷和军粮，七万大军的粮饷，军械开销，每年大概需要花费白银一百余万两，粮米七十万石，较原来一百五六十万两白银少了许多。
在江北整编工作进行的如火如荼的时候，朱由桦也在京师对御营进行整编。加上成军不久的两万御营新军，此刻的御营总兵力突破了三万大关！
朱由桦深深的知道，想要驱逐鞑虏，收复中原，手中就必须要有一支真正忠于天子，忠于朝廷的嫡系军队，强干弱枝才能维护纪纲，保证中央集权的稳定。
历史上的南明之所以没能和南宋一样，坚持个百多年，最主要的一个原因就是缺少一个强有力的中枢。中枢赢弱，纪纲不存，各地的疆臣，兵头不听号令，各自为战，且互相鄙视，谁也不服谁，最后被满清集中力量各个击破，满清之所以能横扫中国，主要也是因为他们有一个以多尔衮为首的强有力的中枢，还有一支绝对维护中枢威权的力量——八旗兵。
所以趁平叛胜利，皇帝和中枢威权大增的时机，朱由桦以突击的形式完成了削藩大计，顺利控制了江北四镇余部，并全力经营起了自己的嫡系军队——御营亲军。
三万御营亲军被朱由桦编成了四镇。分别号“忠武、忠捷、虎贲、羽林”。
张堂功因功升加授正二品都督佥事，仍旧统领忠武军，忠武镇战力和装备远超其他新军，是主力中的主力。
总兵刘肇基资格较老，威望较高，加授从一品都督同知，统领忠捷军。
原忠武镇甲营统领官马雄，因功升总兵官，负责统领虎贲军。
原忠武镇乙营统领官阎应元，因功升副将，并以副将衔负责统领羽林军。
四镇各有兵马七千到八千余人不等。除了忠武军装备精良外，其他三镇的装备相对比较简陋了，搜罗了左良玉、刘泽清、刘良佐等部大量的军械，堪堪能够给每人凑齐一柄腰刀，一杆长枪、另有合格鸟铳四千余杆、铁甲两千多副、棉甲皮甲八千多副，大小火炮近两百门，战马四千余匹，其中弓弩、三眼铳这些没计算在内。
装备看似不少，其实不然，其中有一半需要分配给各镇余部，让他们都光脚光手迎敌肯定是不可能的，总要留些好装备给他们，何况此刻的刘泽清，刘良佐余部都被朝廷控制了，增加他们的战力也是增加朝廷的战力。
所以真正转送到御营手里的甲胄和火炮战马的数量并不多，三万御营的装备还有很大的缺口。
好在现在中枢户部和大内存银近四千万两银，绝对的财大气粗，朱由桦大笔一挥，命庞天寿带着两百万两继续到澳门采购并订造军械，澳门军械不够就到广东佛山采购并订造，多定制一些斑鸠铳和佛朗机火炮（澳门半年前的军械基本被采购一空了，目测存货不多。）
在购买军械的同时，朱由桦也不忘自产自造，早在数月前他就命马士英将南方各省卫所的铁匠、炮匠、枪匠等连同冶铁炉、鼓风等炼铁设备全弄到了南京军器监，在葡萄牙铸炮师和枪匠的引导下，集中负责打造各式火器和火炮。同时将战场缴获的，破损，锈蚀的兵器重新打磨与回炉煅打，废物利用。
几个月来，各省陆续被送来了一千多铁匠、炮匠、枪匠等匠户，清一色的衣衫褴楼，面黄肌瘦，就像个乞丐大军。
他们都是世袭的匠户，两百多年下来，地位已经沦落到了连军户都不如的程度，军户至少还有粮饷可拿，他们却是一个铜子都拿不到，做好了是应该，做不好还得受罚，日子一天过得比一天艰苦。