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派出都统杜尔德带兵追击逃跑的隆武帝之后，阿济格亲自带领大军往福州行进，要占领福州，威逼郑芝龙的郑家十几万大军投降。
对阿济格来说，隆武帝虽然贵为皇帝之尊，其重要性根本比不上郑芝龙。郑芝龙坐拥一省之地十数万大军，又占据着日本南洋航道，每年海贸所得高达数百万两白银，是真正的富可敌国。而隆武帝空有皇帝的名头，所掌控的军队不过数百人，只不过是郑家的傀儡而已。只要逼迫郑芝龙投降，便可把福建全省掌握在手中，再收降了十数万军队，以郑家财富为根基，即可从南面把南京包围，攻略江浙之地！
当阿济格带领一万八旗四万绿营赶到福州城下时，福州城不出意料的开城投降了，隆武朝廷工部尚书郑瑄带领满城文武跪地投降，而郑芝龙带着所属军队南下，退回他的老巢安平去了。
阿济格下令在福州整顿降兵，出榜安抚百姓，一边派人往郑芝龙的老巢安平，勒令郑芝龙立刻投降。就在此时，杜尔德建宁府大败身亡的消息传到了福州。
“一千八旗精兵死伤了七成之多，这支明军绝非一般的明军，肯定是任思齐的崇明军。”贝勒博洛向阿济格请令道：“我愿带本部军队赶往建宁，击败崇明军生擒任思齐！”
去年之时，博洛跟随豫亲王多铎先后数次与崇明军交战，却没有占多少便宜，让他一直引为耻辱，这次南下早就立志要会一会崇明军，一雪前耻。
“不！”谁知道阿济格却断然拒绝了他，“我要亲自带兵去击败任思齐，你立刻带兵南下，逼迫郑芝龙立刻投降！”在满清诸王之中，阿济格是个真正的好战分子，也屡立战功身受多尔衮的器重。在去年南征中，阿济格先是击败了李自成的大军，又逼迫了左良玉几十万军队投降，当多铎被阻扬州城下时，他更是逆江而上击溃黄得功，打下了南京，被清廷论功第一。
正因为战功赫赫所向无敌，再加上没怎么碰过崇明军，使得阿济格对多铎博洛等人屡次在崇明军手中吃瘪很是不屑。即使前不久阿济格亲自顺江东征受阻在芜湖，也只是认为崇明军船坚炮利而已，若论战力根本无法和八旗精兵相提并论。当听到杜尔德兵败建宁，崇明军出兵福建的消息之后，阿济格不由得兴奋了起来。他当即决定亲率大军迎战崇明军，好彰显八旗兵的无敌战力。
就在阿济格正要起兵之时，郑芝龙的降书送到了福州，拆开看过之后，阿济格哈哈大笑了起来。
“臣闻皇上入主中原，挥戈南下，夙怀归顺之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地驻兵，又晓谕各府、州积贮草秣，以迎大军......”在郑芝龙的书信中，充满了谦词卑语，可行文中又暗示其强大的实力，以作为和满清讨价还价的本钱。
“郑芝龙鼠辈尔，只要威逼利诱，不怕其不投降。”博洛不屑道。，这些年中，他见惯了贪生怯懦的明朝将领，郑芝龙不过是其中的一个。
“我给你三千八旗一万绿营，福州就交给你了，记住，要尽快解决郑芝龙，好吧福建掌握在咱们手中。”阿济格嘱咐了一番之后，亲自带领大兵往延平而去。
博洛得令之后，立刻派人往安平送信，邀请郑芝龙往福州一晤，商议其投降事宜。于此同时命令属下固山额真富拉克塔等统兵往南安进兵，好给郑芝龙施加压力。
郑芝龙得知清兵逼向南安之后，心里大慌，派人往福州面见博洛，曰“我惧以立王为罪耳。既招我，何相逼也！”
博洛看信之后，假意斥责了富拉克塔，命其后撤三十里，同时派内院学士额色黑等二人持书信到安平面见芝龙，信中说：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾欲见将军者，商地方故也。”
郑芝龙看信之后，决定亲自前往福州，面见博洛。
其子郑森劝道：“吾父总握重权，未可轻为转念。以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本；大开海道，兴贩各港，以足其饷。然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”
郑芝龙道：“稚子妄谈，不知天时时势。夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒敌，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”
郑森道：“吾父所见者大概，未曾细料机宜，天时地利，有不同耳。清朝兵马虽盛，亦不能长驱而进。我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。故得其天时，排闼直入，剪除凶丑，以承大统。迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。
崇明王以一岛之力逆江而上，一击而下南京，由此可见满清之战力，所谓八旗也不过尔耳。
吾父何妨效仿崇明王，若藉其崎岖，扼其险要，则地利尚存，人心可收也。以福建为根基，联合崇明军举兵北伐，驱逐满清，恢复大明，亦可期也。”
郑芝龙道：“任思齐不过是趁着清兵主力西上，才侥幸得手，等清兵回过神来，数路兵发，覆亡可期。识时务为俊杰。今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，慎毋多谈。”
郑森见父不从，牵其衣跪哭曰：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
郑芝龙见郑森语繁，厌听，拂袖而起。
十一月十五日，郑芝龙不顾儿子郑森和郑鸿魁等人的劝告，带着五百士兵到达福州面见博洛，一进城就被博洛软禁了起来。博洛逼迫芝龙当面写了几封信，借以招抚郑氏子弟和部将，并且对芝龙说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。
武毅伯施福、澄济伯郑芝豹和部下总兵十员，兵将十一万三千名，得到郑芝龙的命令之后，下令全军投降，博洛不费一刀一枪招降了郑部十数万大军。
十一月三十日，博洛背信弃义，命令属下清兵攻入了安平，大肆抢劫婬掠，郑森的母亲翁氏也被奸污，愤而自缢。郑芝龙靠着海贸强烈积攒的数千万两白银的身家统统落到了满清的手中。