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赠给金虎牌、玺书，请他主持天下道教以及所有出家人的教务，邱真人回燕京后驻长春宫(即今帝都白云观)开坛说戒，弟子四处立观度人，弘道传教，使全真道组织发展到极盛。
当时全真道宫观遍布北方各省区，“虽十室之邑，必有一席之奉”。
此鼎盛局面，自丘处机起，历经尹志平、李志常两任掌教，大约三十年。
元世祖至元十三年（1276）平定江南，全国统一。
此后，原同源异流而分传于金与南宋的全真道和道教南宗，逐渐认同、融合，至元代中后期，二宗合并的条件渐趋成熟。
在南宗大师陈致虚等人的推动下，二宗经过对祖师宗祀的研究，南宗最终并入全真道。
合并后的全真道遂成为更大的道派，盖过江南正一道而统领天下道教。明代皇室对佛、道采取抑制、约束政策，对全真道支持较少，在此情势下，统一的全真道渐次分解成诸多支派。主要的有“七真派”，即宗祖马钰的遇仙派，宗祖谭处端的南无派，宗祖刘处玄的随山派，宗祖丘处机的龙门派，宗祖王处一的嵛山派，宗祖郝大通的华山派，宗祖孙不二的清静派等。
另外，又有一些全真道士分别组成“五祖派”，即宗祖王玄甫的少阳派，宗祖钟离权的正阳派，宗祖吕洞宾的纯阳派，宗祖刘海蟾的刘祖派，宗祖王重阳的重阳派以及张三丰开创的武当派等。
其中的全真武当派则得到了明朝以永乐皇帝为代表的大加推崇，它们的形成时间，最早在明代中后期，多数在明后。
全真道至元代前期，以成吉思汗之召见、崇奉丘处机为契机，在丘处机及其弟子们的推动下，全真道发展至鼎盛。
明末清初的著名道士抱一高士昆阳王常月真人，提出了“戒行精严”的修道思想，整顿教门，开创“龙门中兴”，促进全真道一度复兴。
全真道在阐发内丹学方面成绩斐然，有闵一得、刘一明、李西月、柳华阳等学者。
在明清道教衰落时期，只有全真龙门派因王常月的阐扬，一度“中兴”，而其他道教派别，例如正一派，则大都衰落不振。
全真教有着自己的教义，全真教的教义总体来说，在炼养上祖述黄老，继承了还黄帝、老子、尹喜、文子、列子、庄子、屈原、魏伯阳、钟离权、吕洞宾的思想。此外，提倡三教平等，但认为儒、道、释的核心都是“道”。
其宗教实践的原则是“苦己利人”，而且实行出家制度，道士不鼓励婚娶。
全真教除了继承了帝国传统道家思想以外，更将符箓、丹药、斋醮科仪等思想文化内容重新整理，为今时今日的道教奠下了坚实的根基。
该教教义受时代思潮影响，力主三教平等，以《道德经》、《般若心经》、《孝经》作为宣传口号。
修行智慧则以祖经《道德经》、《四子真经》、《文始真经》、《清净经》、《四品经》为主。
修行方术以华夏内丹为主，兼修外丹符箓，主张性命双修，先修性，后修命，认为修真养性是道士修炼唯一正道，除情去欲，明性见道，使心地清静，才能返朴归真，证道成仙。
规定道士须出家住观，严守戒律，苦己利人，对犯戒道士有严厉惩罚，从跪香、逐出直至处死，金元之际邱处机嗣教时，全真道得到大发展。
全真教还有着自己的教派特点，全真道是金初在帝国北方相继兴起的三个新道派之一，它与原有的道教旧派有显著的不同。
全真思想提倡三教平等，规定以经书《道德经》、《孝经》、《玉皇心经》为首要经文。
他和七弟子的诗文中，三教平等言论更是俯拾皆是，如“儒门释户道相通，三教从来一祖风”，“天下无二道，圣人不两心”，“教虽分三，道则唯一”等等。
尤以融合本土老庄化的禅宗理论最为突出，马钰《神光灿》：“禅为宗，道为祖。”
以南宗来说，白玉蟾祖师对朱熹予以极高的评价，皇极坠地，公归于天，武夷松竹，落日呜蝉。——《诲琼玉蟾先生文集》卷六议朱文公赞》
教义中，出世思想浓厚，在王嚞和七弟子诗文中，指出人生是“苦海”，家庭是“牢狱”、“火宅”，夫妻恩爱为“金枷玉锁”，劝人“跳出樊笼”，看破功名富贵，学道炼丹，以离“苦海”。
长生成仙是道教的基本信仰，它是区别于其他宗教的根本标志，全真道的基本信仰也是如此。
但是它和旧道派有很大的不同，旧道派大都认为，经过修炼，形、神皆可不死，故其信仰是肉体与精神一起长存，即所谓“白日飞升”。
全真道则不然，它在成仙信仰上，不再追求“肉体不死”，只追求“真性”解脱和“阳神”升天。
他们认为，人的肉体是要死灭的，人的真性或阳神则可以长存，王嚞谓：“修行须借色身修，莫滞凡躯做本求，假合四般终是坏，真灵一性要开收。”
又谓“唯一灵是真，肉身四大是假，”因此他批评肉体长生的追求者，曰：“离凡世者，非身离也，言心地也。”
“……今之人欲永不死而离凡世者，大愚，不达道理也。”
刘处玄的《至真语录》亦称：“万形至其百年则身死，其性不死也。”
又：“真我者，人之性也，……无形之道也。”
无形之道则真也。”“伪我，则养身之道，则假也。”因此在内丹修炼理论上，主张性命双修。
以澄心遣欲为真功，以明心见性为基础，而不在全真明心见性只是入门，最终目的是为了识道，全真识道的境界要比明心见性之后的最高层次高或者平等。
既然肉体本来就是要死的，只有“真性”、“阳神”得到解脱后可以长存、升天，因而他们乃视人的肉体为桎梏，意欲其毁灭，以便真性、阳神的早日解脱，得道升仙。