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完成安全情报组的组建工作，齐之洋又开始了他的整军工作。(牛文~网看)
说到整军，其实齐之洋也没有什么可以整的，唯一的做法就是完善编制，而不是扩编。现在蓝海共和国的陆军有两个本地人（马达加斯加人）连，一个南洋华人组成的连队，这三个连队都是日械，两个法国人雇佣兵连，共五个连，600人左右。另外还有一个团不到2000人的法军盟军。海军部分是齐之洋带来的那些部队和重庆海军，人数也在1500人左右。
齐之洋将从延安来的那部分知识青年充当了海军舰船上的水兵，同时让这一百多人参加海军培训班，掌握海军的基本知识，并且在舰上进行海军各类知识的实习，这个班从指挥到后勤，什么都教。主要是为将来培养各级海军军官。不过现在也只能在心岛号上充当水手。
重庆来的海军官兵大概有300人，这300人有着不同的军衔和岗位。从水兵到枪炮手、鱼雷手到副舰长都有，他们具备了很好的海军素养和知识。所以，齐之洋把他们的一部分、延安来的知识青年以及南洋招收的适合海军的人员混编，组成团队，与自己派出的舰长和关键的部门主官一起作为“心岛”号的舰上官兵。混编的结果是有利于自己派出的舰长容易控制局面，掌控舰船。
原先法国雇佣军和重庆海军的一部分，以及自己派出的舰长、关键部位主官混编，组成“马达加斯加”号上的舰上官兵。这艘船本来就落后，齐之洋其实是准备把它当做护航舰船的，只不过现在没有什么战舰，所以，先编入作战舰队。
齐海军从本地人招收的部分潜艇人员和阿刚从法国雇佣的潜艇人员全部混编，负责仅有的两艘潜水艇的战斗，这两艘潜水艇目前只担负破袭工作，负责轮流在锡兰西海面攻击落单的日军的油轮和货轮。但是齐之洋并不要求他们过多的出击，只是对盟军稍作表示。表示自己一直在和日军作战。
其他运输舰主要由本地人和法军雇佣军负责。
延安来的其他不到100人都是原先的陆军连排级干部，有着非常优秀的战争意识和作战经验。但是缺乏的是军事的相关知识和作战基本条列的学习。齐之洋将这些干部放到陆战队培训班，由特战大队和海军陆战队的人员充当教官，对他们进行集训。然后这些人员的一部分，作为骨干，混合从南洋招收来的子弟们，混编了三个连的陆战队。其余的40名作为连排班级指挥官，从马达加斯加本地招收了本地人，组建了一个陆战队连队
从徐家推荐的南洋子弟们中招收不到20名的知识青年，作为飞行员，进行了培训。教官毫无疑问是三大舰上的直升飞机驾驶员和原殖民地法国空军的飞行员。这时的齐之洋其实拥有的飞机也不少，尽管花样繁多，法国、日本的战斗机、轰炸机和鱼雷机都有。只是由于后勤和配件的原因，这些飞机中，只能挑选3架当做教练机，其余的全部趴在苏亚雷斯基地的机库里。
最后一部分武装力量是警察，学习后世经验，半军事化的警察是维持统治的好方法。齐之洋大力推行警察本土化，结合以前的法国警察，组成了一支1000人左右的武装力量，维持着整个马达加斯加岛的日常治安保卫工作。
这几种种武装力量，齐之洋都任命了负责人。
陆军的负责人是陆战队出去的指挥官李兑喆少校。下面有五个连队。
海军陆战队负责人是肖兆泽中校，下面有一个加强连，一个战车连和四个陆战队连队。
海军航空兵的负责人是卞朝元少校，下面有28名飞行员，17架飞机。
潜艇部队的负责人是让·阿刚上尉，下面有2艘潜艇。
海军舰队的负责人齐之洋自己兼任。
警察部队的负责人由向华宇担任。
在整编完军队之后，齐之洋又整顿了政务，重新调整了各主要工作的负责人选。
这次已经明确，程建中负责全部政务，马飞正负责外交组，周建军负责经济组，向华宇负责安全保卫。各小组下面的配置由各组负责人视具体情况进行统一安排。
程建中分管着组织人事，基地建设和民生工作。同时分管科技研究，主要课题是核武器、导弹、半导体、日用电器的研制。
周建军分管工业建设，交通建设、财政和资金，对外贸易，经济统筹等。周建军在其下面设立了港口建设、工厂建设、道路建设等六个小组。
马飞正分管外交和人才引进、人才教育和培养。人才这部分本来是程建中的工作范围，后来考虑到人才大多靠外部引进，所以将这部分工作划岛了马飞正的名下。
向华宇分管治安和情报。
齐之洋分管军队。林爽锐和黄宗英协助管理海军舰队以及海军陆战队。
最后一块是党建工作，这是最头疼的一件事情。（无论是对齐之洋还是水飞云）齐之洋并不想让自己的国家成为后世的大陆，在敌视中建设。但是他自己本人也是个党员，想让自己改变信仰了一生的东西也很难。在和程建中等几个主要官员充分讨论之后，决定走改革开放后的路线，即市场化的社会主义道路。
齐之洋本人对后世大陆在1950—1960年之间的历史做过很详尽的研究。就他本人认为和后世许多御用史学家的研究，这段历史是高度符合民族利益的，高度计划经济在建国初始有着很重要的意义，起到了非常大的作用。这对蓝海共和国有着非常重要的借鉴意义，同样是从一穷二白开始建设国家。
为了避免产生不必要的敌对，齐之洋将自己的党组织改名为科技进步党，实施的是最主要的理论有两个，一个是初级阶段理论，一个是科技是第一生产力的理论。书记由齐之洋自己担任，其他的副书记包括了另五位上校。秘书长由程建中兼任，负责日常事务。
至此，齐之洋完成了蓝海共和国的基本框架和组织。一切走上正轨。
这边蓝海共和国的建设搞的火热，而在印度洋最西北端，红海的口上，日军和英军正准备激烈的火拼。