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三日后，运送物资的船队到达了济州港，第二天，由卫平率领的陆军也乘船到达了济州港，明军十五万陆军，以及供半年之需的作战物资全数到达。朱祁钰并没有耽搁时间，立即组织起人员，召开了进攻日本的战略部署会议。当然，陈懋在组建了总参谋部之后，其着手的第一件事情也就是策划进攻日本的行动，并且拿出了数套可行的方案，以供朱祁钰的选择。这次，是总参谋部第一次在战争中发挥自己的作用。陈懋作为作战会议的主持者，立即就发现了总参谋部的价值。
以往，明军在作战之前，才会制定作战计划，显然，这是很不充足的。很多时候，都需要依靠朱祁钰，以及其他高级将领来分析敌情，而这产生的麻烦并不小。比如，在北伐战争中，当明军到达了和林之后，朱祁钰就没有随同大军打入瓦刺，结果只能由前线将领指挥军队作战。虽然邓茂，陈豫两人没有让朱祁钰失望，可两路军队的配合并不理想，产生了一些冲突。而在朝鲜的抗日战争中，明军兵分三路，分别从北面，南面，以及海上打击朝鲜日军。而三路大军的配合并不是很理想。特别是在尚州地区，两路明军如果提前会师的话，那日寇就将败得更快，可最后，两路大军都错过了这一机会，导致战争拖延了近一个月！
成立总参谋部的目的，就是为了解决这种混乱的情况，通过制定严密的作战计划，来协调各路进攻部队的步伐。而明军在作战之中有了参考，自然就更能发挥出战斗力了！而且，通过提前制定不同的作战计划，也可以给明军更多的选择，然后根据情况确定最佳的作战方案，以降低作战的难度！
“这次作战，分为三种方式！”陈懋在沙盘上讲解了自己地计划。“其一，大军在九州登陆，攻占九州之后，将其作为进攻日本的前进基地。向东，我们可以度过丰后水道，攻占四国岛，在此向北渡过濑户内海。进攻备前，播磨两地，直接杀向西军的腹地。另外，还可以渡过周防滩，在长门，周防两地登陆，由西向东进攻，逐步蚕食西军的领地。这一作战过程，虽然路途漫长，却稳扎稳打，不给日寇任何反击的机会。逐步消灭西军，达到彻底灭绝日寇的目的。当然，因为作战行动过于持久，这对我们地后勤压力非常大，要做好持久作战的准备！”
将军们都耐心的听陈懋的讲解，朱祁钰也很是认真，毕竟，这是陈懋花了很大心神才搞出来的，是他的劳动成果。
“其二，大军直接在尹势湾登陆，杀奔尾张。尾张是西军的主要根据地，更是织田信长的发家之地。另外，尹势湾地区为日寇主要的产粮地，虽然地方不大，可其地位非常重要。西军能力压东军，且有余力侵朝，一个主要原因就是尹势湾附近是日本最富庶的地方。如我军在尹势湾成功登陆，攻占日寇的腹地，必然能沉重打击西军，达到瓦解西军的目的。这一作战计划的好处是，作战时间短，能够快速见效，而且向东可以切断西军进攻越后的日寇西军兵力，向西，则可以扫荡日寇西部地区。当然，这一作战计划的问题是，我军需要投入的兵力极大，且面临两线作战的麻烦，另外，需要在极短的时间内运送大批的作战物资，这对短期内的补给工作是一个极大地压力。”
朱祁钰慢慢的点了下头，如果这是在日本战国末年的话，那他有信心一举击溃日寇，毕竟到了战国末年，日本的内耗相当严重，国力也被削弱了很多。而现在，日本地战乱才打了几年，在面临外来压力的情况之下，如果遭遇明军进攻，恐怕日本各地的诸侯都将联合起来，到时候，大明就是与整个日本作战，不能小看日本的战争潜力！
“其三，兵分两路。一路在日本东南地区登陆，可以是尹势湾，也可以是骏河湾或者相模湾。此路军队的目的就是牵制日寇西路军队，在舰队的炮火支援下作战。而另外一路大军则在九州岛，或者是本州岛西南面登陆，打击日寇后方，达到瓦解西军的目的。这一作战计划的好处是，可以前后夹击日寇西军，且相对投入地兵力，以及受到的后勤压力都较小。不过，问题仍然是作战时间将大大延长，无法在短期内结束战争，这对我们的持久作战能力是严峻的考验！而且，分兵两处，将导致我军的指挥系统过于复杂，难以协调行动，这个问题也不得不考虑！”
说完，陈懋就看向了朱祁钰，他只是总参谋长，顾名思义，也就是提供意见的参谋而已。真正做决定的还是朱祁钰。
朱祁钰思考了一阵，说道：“这三个计划都很好，照顾到了这次作战的重点。确实，现在日寇最强大的就是西军，所以，我们的重点打击对象就是日寇的西军。不过，还有一点，陈参谋长没有考虑到，那就是，我们如果全力进攻西军，会产生什么样的结果？”
将军们都有点疑惑的看着朱祁钰，至少对这些军人来说，他们对军事行动产生的政治影响都不大熟悉，不过，并不是所有人都这么想。
“陛下，你的意思是，日寇在外界压力下结束内战，一致对外？”卫广提出了自己的疑问，显然，他是那种比较能够思考的将军。
朱祁钰慢慢的点了下头，说道：“正是如此。如果此事发生在我大明，就如同当初蒙古骑兵到了京城外的时候，我们怎么做的？当时，主逃与主战两派都放弃了分歧，一致对外，先打退蒙古侵略者，然后再解决内部问题。如果我们全力进攻西军的话，必然会让东军产生唇亡齿寒的感觉，在面对外界威胁时，日寇难道就不会先放下内部分歧，一致对外吗？”
“那么，我们就要想办法解决这个问题！”邓茂也点了点头，显然，他也明白了朱祁钰的意思。而邓茂也多看了卫广一眼，之前，他对卫广并不是很熟悉，不过刚才一句话，已经证明卫广在某些方面并不比邓茂差。
“对。必须要想办法解决这个问题，也就是说，我们要找到一个出兵日本的正当理由，当然，这个理由其实是现成的！”朱祁钰挺了下腰，走到了沙盘对面“日本与我们的差别很大，他们虽然换了几代幕府将军，不过日本天皇并没有换。如果，我们能够控制日本天皇，然后以日本天皇的名义来出兵日本。先用全力打败织田信长的西军，然后再转过身来干掉上杉谦信的东军，到时候，我们就是日本的统治者，至于怎么处置天皇，那就要看我们的心情了！”
将军们都大笑了起来，如果能够骑到一个国家皇帝的头上，那肯定是一件很过瘾的事情，当然，这要先战胜日本。把日本打趴在地上，那么，他们就都是日本的太上皇了！
“好了，笑够了。我们就严肃一点吧。这次作战，是我大明第一次打出海外，向那些胆敢挑衅大明天威的无胆匪类发动进攻。这也是我大明军队第一次渡海作战。我们必然会面临很多地问题，也必然会面临很多的挑战。不过，我相信，大明的军队，是天下最能征善战的军队，是天下最厉害的军队，任何敌人在我们面前，都是弱小的，都是乌合之众！不过，我再次重申，战略上，我们可以轻视敌人，不过，在敌人彻底倒下之前，任何人都不得轻敌，军法无情，即使各位都是我大明将领，到时候，可别怪我手下无情！”
“陛下放心，我等绝不让陛下失望！”众将领纷纷表态。
朱祁钰点了点头，说道：“很好，我知道各位都不会让我失望的，而且，你们也没有让我失望，我希望，这个记录能够一直保持下去。现在，我部署作战行动”
朱祁钰采纳的是陈懋制定地第三套计划，不过，并不是完全采纳，而只是借用了陈懋的创意，即分兵两路，从两个方向上对日本展开进攻。
西路大军有陈懋直接指挥，辖第一集团军以及第二集团军的第六军，由济州岛出发，先一步攻占对马岛，然后进攻壹歧岛，以此为基地，进攻肥前，筑前两地，扫荡九州，以此为基地，向东扫荡四国，向东北进攻日本，逐步蚕食西军控制地地区，达到消灭日寇有生力量的目的。而且，此路进攻部队可以直接从济州岛以及朝鲜南部的釜山等港口获得补给，还可以在对马岛，壹歧岛建立前进基地，以此为进攻日本的前站。这能极大的缓解明军的后勤压力，而且，有利于利用朝鲜军队控制明军的占领区，只由明军负责前线作战行动，减少明军的投入。
东路大军由朱祁钰亲自率领，由帝国海军舰队，第二集团军的第四，第五两军，以及近卫军组成。这路明军直接杀入江户湾炮击沿海的日寇，然后在附近登陆。而这一路明军的任务只有一个，以最快的速度杀到宇都宫，将天皇抢过来，然后以天皇的名义，来发动这场战争，为此，卫广地第五军几乎全由骑兵组成，而罗国栋的第四军则主要由步兵与炮兵组成，以在沿海地区固守，吸引日寇主力，做卫广的支援！
部署完成之后，朱祁钰看了一眼周围的将领，说道：“各位，所谓将在外，军命有所不授。此番部署，只是作战参考，到底该怎么打，各位也都心里有数。你们都是久经沙场的战将了，所谓兵无常势，这就是说，战争的变化很大，不能完全依靠计划来行动，而一个优秀的将领，是能够依靠战局的变化来调整作战行动的。所以，在这里，我仍然给你们临战决定的权力，只要朝着我们地最终目标前进就行。各位，在此，大明帝国的前途，就拜托各位了！”
见皇帝这么客气，众将领立即说道：“陛下放心，臣等鞠躬尽瘁，为大明征战沙场，绝不辜负陛下，以及大明百姓的厚望！”
当晚，朱祁钰设宴款待了参加这次远征作战的十多位将军，另外，也让济州岛上的明军官兵都好好的放松了一晚。而朝鲜国王派来的慰问团更是极大的提高了将士们的士气，让这些身在异国他乡作战的明军官兵并不感到孤独。
当天晚上，朱祁钰写了两封信，让人带了回去。一封信是给于谦的，主要是让于谦稳定国内局势，减轻百姓压力，不能在大军东征的时候，发生内乱，以及保证大军的后勤供应，助朱祁钰迅速战胜日本。另外一封信是写给皇后柴美娇的，朱祁钰在心里先是表达了对家人的思念之情，然后让柴美娇负责监督帝国海军的发展工作，毕竟柴美娇不仅仅具有皇后的身份，她还是柴家的大小姐，是柴汇的独女，也是海军方面的专家，由她来负责监督海军的建设工作，朱祁钰自然不用担心了！
第二日一早，朱祁钰就准备率军出发了。而朝鲜国王的使者也及时的赶到了济州岛，将一份重要的礼物送给了朱祁钰——一面黑色底，上面绣有金龙出海吞日的大旗。这正好寓含了这次朱祁钰率军远征日本的意义。朱祁钰也欣然接受，并且让人将这面旗帜插到了旗舰“帝国”号主桅的顶端。
朱祁钰当时并没有决定将此作为帝国海军军旗，不过，当这面旗帜飘扬在了“帝国”号的顶端时，大明帝国海军将士都记住了这面旗帜，后来，这也就成了帝国海军的军旗。从此，这面象征着帝国海军，象征着世界上最强大的帝国的旗帜将飘扬在世界的各个角落，哪儿有这面旗帜，哪儿就会有大明帝国海军将士的身影，哪儿就有大明帝国的海军舰队。这也就成了大明帝国本身的象征。后来，大明帝国的国旗甚至都是在此基础上进行改进的。当然，后来也不会有人介意，这面海军军旗是朝鲜国王赠送的，毕竟，朝鲜在很大程度上，就是大明帝国的一部分！