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制服了各番王之后，事情并没有到此了解。朱祁钰安排了上千侍卫专门负责“照顾”这些王爷，随后，就开始动手做第二件事情，派陈懋，罗国栋，卫平分头出发，将江北所有番王的军队收归朝廷。而当时，大部分又实力的番王都在江北。随后，又明南方各省总兵，收归其他番王的军队！
完成了这一步之后，朱祁钰才稍微安心了一点，这时候，他才开始为自己的新政府忙碌了起来！而朱祁钰做的第一件事情，不是组建新朝廷，也不是改组司法机构，而是建立议会，而他首先建立的就是象征性的，或者说具有过渡性质的上议院。
上议院是贵族议院，几百年来，除了部分战乱时期之外，都没有变过，而这也是当时朱祁钰立下的规矩！第一界上议院额定议员人数为一百零一人，其中皇族，也就是各地番王五十人，另外，再从公卿列侯中选出五十一人组成。说白了，这是朱祁钰给那些被削去了权利的番王，以及准备要对付的列侯的一份礼物，也算是稳住他们的一种办法吧！
当时，上议院的职权还是很大的，这相当于以往的内阁（当然，不是新组建的内阁）。上议院有权要求核查政府预算，支出。并且有权调查官员，提出对官员进行弹劾，如果得到大多数议员的支持，那么就能弹劾政府官员。且，上院只要有五位议员联名提出奏章，就能提交皇帝亲自过目，向皇帝提出治国，修政，以及行政等方面的意见与建议！另外，每年，上议院将组织一次对地方政府的审查，如果发现问题，可以直接转交司法机构审查，中央政府无权过问！如有国家大事，上议院议员带表（由此产生了后来的议长）有权参与政府决策。
这些权力让那些失去了大权的王爷，以及贵族得到了满足。当然，实际上，他们最主要的还是监督权，并无实际行政权，且要想弹劾官员，还必须要得到皇帝的批准！说白了，在朱祁钰这个铁腕皇帝手里，上议院的权力只是好看不好用的东西而已。不过，朱祁钰也需要上议院，有了上议院的监督，也更能够约束官员的行为！
成立上议院的决议很快就得到了通过，毕竟番王，贵族的影响是不小的，而且当时朝中的很多大臣，以及军队里的大部分高级将领都是贵族，皇帝给了贵族新的权力，他们自然很是高兴了！
组建上议院花的力气不大，可接下来，朱祁钰要做的事情，就受到了很多人的反对，甚至连一些原本支持朱祁钰推行新政的大臣都在怀疑，朱祁钰这么做，就是在削弱官员的统治权，如果官员手上的权力不够大，还怎么治理天下？这就是成立单独的行政机构，将官员行政大权与司法大权完全分离！
其实，当初朱元璋设立监察院，并且在地方设立提刑司的目的，也就是要将行政权与司法权分离。不过，朱元璋做得并不彻底。在他的政府里，行政权远远高于司法权。比如，在取消了中书省之后，吏部成为了最重要的衙门，而吏部的职责是管理天下文官的任免，升迁等等事务。说白了，吏部的官员就是管理天下百官的，因此吏部官员也有“天官”之称！这样一来，行政与司法两权仍然没有分离，因为司法官员也都由吏部任免，这怎么分离？在这种情况下，各部官员，乃至监察院，大理寺等以司法为主的部门的官员也都相互勾结，结党营私，朱元璋当年苦心建立的政治制度，几十年不到，就失效了。这也正是他没有将行政与司法权完全分开造成的！
这次，朱祁钰做得很彻底。要完全将行政与司法权分开，最直接，也是最重要的办法就是提高司法部门的地位。以往，监察院的最高官员也就是四品，而大理寺卿也是四品，比起各部尚书，侍郎都差得很远。让四品官员去调查二品官员，这本身就不现实！另外，司法机构中，执法，检察，审查三权并没有分开，因此司法程序并不完善。最重要的是，执法大权掌握在政府官员手里，也就是行政官员手里，就算是审查与检察这两关能够做好，执法不到位，那也是白搭！
朱祁钰将监察院改为了检察院，并且将检察院主检察长提升为正二品官员，由权调查政府一切官员。另外，将大理寺改组为最高法院，主掌审查权，任何重大案件都必须经大理寺审核，才能最终定案。而大理寺卿也被提升为正二品，极大的提高了司法机构的权威！
最重要的是，朱祁钰将执法权从地方行政官员手里夺了下来，单独成立执法部门，即警察总局！最初的警察人选其实就是从锦衣卫里挑出来的。另外还在政府中专门设立了警察部（后改名公安部）。这就让执法这一层成为了司法与行政两大机构中的一个过渡部门，执法官员既是行政官员，也是司法官员，其双重身份，决定了其重要性！
成立了最高法院（下直属各省，府，县地方法院），最高检察院（下直属各省，府，县地方检察院），警察部之后，朱祁钰就已经将行政与司法完全分开了。而这对当时的朝廷官员（也就是后来的行政官员）来说，绝不见得是件好事。毕竟，多年以来，司法权都在他们的掌握之中，是他们用来对付百姓的武器。现在，这把武器被朱祁钰夺走了，反而将矛头对准了他们，这些官员能安心吗？
可以说，改组行政部门是麻烦最大的事情。在朱祁钰之前，大明的行政权主要集中在了以吏部为首的中央六部手里，其中，户部总管天下户籍，田土，资源等。礼部总管礼仪，祭祀，以及外交。兵部总管军队事务。工部总管军器制造，防洪防汛，道路建设等。刑部总管司法等。
现在将司法大权分了出去，且皇帝一手掌握了兵权，而商人也获得了更大的权利。因此，兵部，公布，刑部这三部已经名存实亡了！另外，吏部作为总管官员人事安排的部门，在朱祁钰的新政府中是没有任何地位的（这也是为了防止像王直这样的人出现），礼部更是没有任何的价值。中央六部的职权其实已经被削弱了很多！正是在这一基础上，朱祁钰再次分化各部门的权力，解散了六部，成立了十五个新的部门！
这十五部是，内务部，外交部，经济部，国防部，工业部，农牧部，商贸部，户籍部，水利桥梁部，警察部，帝国安全部（秘密警察部门），教育文化部，科技部，医疗卫生部，以及税务部。虽然，以现在的眼光来看，这十五个部门还不完善，其中很多部门负责了多方面的事务。后来不到一百年，中央政府的部门就已经扩大到了二十二个部！不过，在当时看来，朱祁钰这么明确的细分中央政府的权力，这绝对是破天荒的事情！
当然，让很多人感到惊讶的事情还有。在设立了这十五部之后，朱祁钰还再次打破了太祖皇帝定下的规矩，从新设立丞相，只不过，这时候已经不叫丞相了，而改称为内阁总理大臣！而这内阁总理大臣一般只兼任某一部的部长，很多时候甚至是单独的职务，不过，其权力远超过了以往的丞相。内阁总理大臣只向皇帝本人负责（后来形式上只向皇帝负责，实际上则是向下议院负责），且各部正副部长都由其选拔，然后提交皇帝审查，如无反对，则直接任免！
而朱祁钰选择的第一任内阁总理大臣就是于谦！在当时看来，于谦自然是一人之下，万人之上的大人物了。不过，朱祁钰另外还给于谦设置了一道障碍。这就是内阁，既然有内阁总理大臣，那就得有新的内阁吧！
新的内阁就是由十五部正副共三十名部长，外加内阁总理大臣组成。这三十一人（有的时候不足三十一人）都可以向皇帝提交行政意见，制定国家政策，并且向朱祁钰负责！可以说，内阁本身就是一个小朝廷，规模比以往的朝廷小了很多，将各部其他官员排除在了朝廷之外，且只行使行政权，而不涉足立法与司法权！
朱祁钰确定了这套政治制度之后，皇权并没有被削弱，反而被加强了许多！不过，只也只是对朱祁钰一人而言，对那些没有朱祁钰这种铁腕手段的皇帝而言，是没有办法控制住这台政治机器的！现在，朱祁钰完全掌握了行政大权，各部大臣都是他的心腹手下。而立法方面，虽然组建下议院的计划被推迟了（主要是选举办法无法确定），大上议院因为超过半数的都是朱祁钰封的公侯，自然也在朱祁钰的控制之中。司法方面，朱祁钰在新的检察院，大理寺都安置了忠于自己的部下，且这两个部门的官员地位都提高了很多，他们都直接向朱祁钰负责。也就是说，司法权其实也落到了朱祁钰的手里！
就算比起明太祖朱元璋来说，朱祁钰此时掌握的权力也大大超过了他！当初，朱元璋还要受到丞相李善长，胡惟庸的制肘，且那些他设置的言官对他也很是不客气。而现在，朱祁钰已经完全掌握了大明的所有权力，没有人再能跟他作对！恐怕，朱元璋在九天之上，见到朱祁钰将他建立的大明搞成这个样子，不知道是笑，还是哭！