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黄埔军校的设立就是要建立革命武装，一切反对势力自然被视为不共戴天的“反革命”在广东的“反革命”势力亦就首当其冲。黄埔师生的第一仗，就是“平定商团”(略—编者)
不到三个月，蒋介石率领他的东征之师自潮州回广州，平定“杨刘叛变”黄埔学生军能打败杨刘，据美国领事的观察“功在苏俄军事顾问”(美国国务院编辑foreignrelations，1925，1；742)
美国领事的观察可从国民党原始文件中得到印证。一九二五年四月六日，以廖仲恺为主席的“中央执行委员会”第七十三次会议，决议：“陆军军官学校教导团第二团第九连连长桂永清，此次获敌衣物不报，违犯军律，罪有应得，惟念该连长作战以来奋勇出众，不无足录，应免处死，着仍在连长任内，戴罪图功，予以自新之路。”(李敖藏会议录原件)谁要处死桂永清呢？蒋介石也“校长以该连长不能表率全连官兵，恐贻恶风，将其判处死刑。”(李敖藏原件附录)只因获得敌人衣物不报，就要判处死刑，引起黄埔学生李之龙、酆悌、冯毅、薛文藻、黄杰等六十六人以“快邮代电”急致广州中央执行委员会廖党代表，要求“速电校长，变更成案，从宽处治”此前团党代表俄顾问亦“请予从宽处治”“未蒙邀准”只因在孙中山丧期，没有立即执行枪决，终得中执会决议宽恕。(见李敖藏原件附录)此一事件可以证实，俄国顾问至少到团的一级。当时中国的军队，包括军阀在内，外国军事顾问到这一级的，可能是绝无仅有，难怪陈炯明要抗议外国军事介入中国内战也。此一事件也透露了蒋介石的性格，对中执会的特赦决议，有未甘，复函说：“特赦桂连长永清自当遵办，唯须处以无期徒刑。”于是一九二五年四月十六日中执会第七十五次会议上复议，决议：“应免桂永清死罪，令蒋校长酌量减等处分。”(李敖藏会议录原件)幸亏那时蒋介石的权力尚未至上，被中执会诸公纠正了过来，否则桂永清早以连长身份魂归离恨天矣！
同年五月七日，中执会应蒋介石之请，因教导团改称党军，校长名义不能指挥党军，遂“任命蒋中正为党军司令官”约略同时，东江肃清后，在汕头组织政治局，特派“许崇智、蒋中正、邵元冲、周恩来及市党部代表一人”为五委员“监督指挥潮、梅、陆、海丰各县行政事宜，对中国国民党中央执行委员会负责。”(李敖藏第七十九次会议录原件)
一九二五年六月，党军克复广州，国民党中央党部任命蒋介石身兼广州市卫戍司令。他的军权虽更上层楼，但是在孙中山死后的新政权中，他仍在核心之外。六月十五日，中国国民党中央委员会召开全体大会。三十日中执会第九十一次会议政治委员会临时提出推定汪精卫、胡汉民、张人杰、谭延闿、许崇智、廖仲恺等十人为国民政府委员，通过中华民国国民政府组织法(见李敖藏会议录原件)，并于七月一日将大元帅府正式改为委员制的国民政府。周德伟回忆说：
最可注意者，此时的蒋介石尚未为国民政府委员。国民政府推汪精卫为主席、许崇智为军事部长、胡汉民为外交部长、廖仲恺为财政部长。胡代帅被黜为外交部长，久不任官的汪精卫反为主席，汉民大愤，因辞职走俄，以后若干年汪、胡成为生死敌人，蒋介石则时而联汪制胡，时而联胡制汪。李著谓胡之走俄系以后之廖案嫌疑，其实非是，志此以待考订。(余之一生与国民党点滴未刊手写本，页九十五)
胡汉民涉廖案之说，因误以胡为右派，其实当时胡、汪、蒋都是左派。三人成为右派是后来的事。胡到海参崴后，于赴莫斯科途中，一再写信给“季兄”(汪精卫)，盛道俄国同志关心“中国革命事业”感激“俄同志之招待亲切周至”赞佩新俄之建设“唯有欢喜赞叹而已”(见李敖藏胡汉民十月十一日致汪精卫函抄本)。从胡于途中频频驰函看来，此时胡汪尚未成为“生死敌人”不过胡以代理元帅不愿屈就部长，自有可能，借此游历新俄，以广视听。但是周德伟所说，蒋介石在胡汪之间制造矛盾，的确成为事实。
从新成立国民政府的权力分配可知，蒋介石仍与党政无涉，即就军事而言，亦仍在军事部长许崇智之下。一九二五年为统一军事于七月三日中执会决议：“派汪兆铭、胡汉民、伍朝枢、廖仲恺、朱培德、谭延闿、许崇智、蒋介石为军事委员会委员。”(李敖藏会议录原件)蒋介石名列最后，汪精卫兼军委主席。蒋之策略是先联汪制许，于是许成为蒋之立即“斗争”对象。自汪于孙死后南归，蒋即刻意承欢，尊之为大哥，自称小弟，十分热络，汪亦乐得有蒋之助，信以为此老弟的崇敬为真。蒋遂以整顿军队为名，将军权集中到以汪为主席、蒋为委员的军事委员会。许崇智虽也是委员之一，无论权势均大大地被分割了。
军事委员会成立一个多月之后，八月二十日的早晨，廖仲恺突然被刺身亡。凶手陈顺当场被抓，幕后嫌犯则为胡毅生(胡汉民之弟)、朱卓文、林直勉、林树巍等人，皆属右派分子。国民党右派谋害廖仲恺的政治动机十分明朗，而廖案的最大得益者，却是当时被称为“左派将军”的蒋介石。国民党中央于廖案发生后的三人“全权应付时局”小组即由汪精卫、许崇智、蒋介石组成。许因有部下涉案被捕，十分被动，而蒋介石以左派的姿态，又身兼广州卫戍司令，在汪之允许下，最为积极。邵元冲在八月二十五日的日记便提到“现由介石分逮多人，将兴大狱”(页一八八)。然而表面上的雷厉风行，捉拿凶犯，实际上则是雷大雨小。蒋以卫戍司令，于案发当日即全市戒严，特由何应钦的第一军第一师在市区警戒，并派兵把守市区制高点，居然所有嫌犯，除林直勉一人外，全部逃往香港，而林又因“查无实据”被驱逐了事。以蒋当日姿态之左，无人会怀疑到他，但事实上却是“左”倾其表、右倾其实，他不喜欢廖仲恺早见之于就任黄埔校长之前。他若果真涉案刺廖，则由他缉凶，岂非犹同陈其美去追缉刺陶凶犯？蒋即使未直接或间接涉案，包庇之情状，已无法遮掩。更值得注意的是，蒋所考虑的不是什么“左”倾右倾的思想问题，而是权力的考量，所以他着重的不是嫌犯胡毅生，而是嫌犯的堂兄胡汉民。陈璧君在自白书中提到，廖死消息传出“全市哗然，谓杀廖君者，必为胡汉民，工人集队，学生亦由黄埔来，请愿捕胡，全市震动。”陈璧君打电话找蒋介石“蒋接电话曰：事很糟，君可先将胡君送东山我家，再商办法，我说你们不可太儿戏，蒋曰否否”但当胡汉民一家到蒋宅“蒋未几又来电话说，我家仍不妥，游行者亦将来东山，请即偕我家中卫兵，由君亲送胡至军校我住宅，必妥当。”其实蒋在幕后一手操纵，因此邵元冲特别驰书给蒋，劝其“慎重处事”(邵元冲日记，页一九一)
事实上，蒋介石并没有保护胡汉民。他把胡汉民押解到长洲要塞看管起来，且于九月二十二日，以“出使苏俄”为名，将胡驱逐出广东。这件事很容易说成是汪精卫想要搞掉胡汉民，然汪是国府主席，位已在胡之上，更何况胡出走后途中不时写信给汪。要搞掉胡的意愿，汪实不如蒋，而蒋显然是散布汪要搞掉胡谣言之人。证据是邵元冲在戴季陶家里听到来自广东的消息，有这样的一段纪录：
适芦隐从粤归，为言此次之大狱，实系精卫欲掊去展堂，故罗织种种罪名而成之，以便自代，其阴贼险狠，振古所希。季陶痛人心之狡刻，为之大恸，同座相对，俱为唏嘘。(邵元冲日记，页一九三)
芦隐姓刘，时为黄埔政治部副主任，他所带来的消息，若非出自蒋介石，尚有谁人？试看刺廖一案，廖死、胡去，汪精卫亦因逐胡而名誉受损，唯有蒋介石独获全胜，利益独占，权位亦随之上升。
廖案又为倒许提供了机会。许崇智一直是压在蒋介石上面的军头，久欲取而代之，许对其旧日上司陈炯明仍有和好共存之意，更遭蒋之忌，乃借许部下有涉廖案之嫌，对许扩大侦查，既指责纵容部下，具有叛国阴谋，更进而散布把持财政、私吞公款之罪，以资罗织。然后密令军校备战，广州戒严，乘机监视许宅与缴粤军第三师之械，并于一九二五年九月十九日驰书许崇智，恶言谴责，迫其下野，甚至骗许，夺其兵柄，只是代管三月，俟“师出长江”后，不仅将部队“还归”而且要恢复许之令名。函长，只录一段：
呜呼！吾兄内阻革命事业之进行，外联林、刘、杨、熊叛逆，以为歼除革命根本之计，各军为疑，所部为二，空谈革命，口是心非，信用已失，名誉扫地今不惟吾军不平，气愤填膺，即兄之所部，亦欲食兄之肉以为快此则吾兄行为反乎革命之常轨，弟所痛心疾首者也
如兄不以不材为不忠，且能反躬以自省，深知既往之非，不感宵小之言，毅然独断，保全名节，则兄不如暂离粤境，期以三月，师出长江，还归坐镇，恢复令名，既朗于公，更浃于私。如蒙赞同，当可为兄准备一切，安全登舰，则兄之所部，弟当负责维持，不负兄之初意。否则兄部激变，制止无方，地方纷扰，人民杌陧，是兄不能辞其咎也。(陆军军官学校校史第五册第七篇，页三十三)
同日，蒋已将许之亲信广东财政厅长李基鸿、军需局长关道职等人，以侵吞公款、接济反革命军队之罪逮捕。当许崇智于二十日清晨二时，收到蒋的谴责函时，已形同软禁的笼中鸟。就在同一天“中央政治委员会”决议，准军事部长兼粤军总司令许崇智卸职。当天晚上，蒋介石就派旅长陈铭枢监送许氏登轮赴沪。
许崇智到了上海，向朋友言及此事，犹愤愤不平，连邵元冲都感到“殊可惊诧”在九月二十五日的日记中记道：
汝为(许崇智)出示介石致彼之抨击函件，历数其用人不当、财政不清、挠师出发等罪名，促其从速离粤。同时有精卫一函，亦表示赞同介石之主张，而促汝为速行者；又汝为复渠之函稿，对所攻击各点有所解释，而介石再复一函，仍不变初旨，而促其速行，故汝为遂行。其(蒋)态度突兀至是，殊可惊诧。汝为并言：介石有时或受人挑拨，盛气难回，然精卫不为之谅解，而反投井下石，殊非对友朋之道，言时慨然！（邵元冲日记，页一九八)
此一“掊击函件”不见于任何一种蒋介石集，有意隐其恶声，是显而易见的，只奈天网恢恢疏而不漏，竟录之于黄埔校史，被李敖发现。许崇智被人整到如此地步，还误将“处心积虑”想作“受人挑拨”不过，若非汪支持蒋，计必不能得逞。汪并无驱许的必要，只是听从了蒋的要求，汪的确以国府主席及军委主席之尊，于九月十八日授蒋以广州卫戍司令身份“全权处置粤局”不啻给予倒许的合法性。益知汪当时为蒋之殷勤所迷，以蒋为可以“倾谈”与“亲爱”的老弟，不惜左袒其作为。从事后看，汪显然被蒋利用了。
驱许未久，又来了熊克武及其川军。熊字锦帆，早年参加革命，民国十三年国民党改组，以军人身份被选为中央委员，可知受孙中山知遇之深。孙准备北伐，熊即率师自贵州欲经湖南入粤，然为赵恒惕所阻。当熊于一九二五年九月二十四日抵达广州，孙已逝世半年，但仍受到国民政府要员热烈欢迎。孰料广州卫戍司令蒋介石突于十月三日，将熊及川军将领余际唐、喻培棣、刘棱、熊晓岩、王子骞、吴庶咸等拘留，并送往黄埔，后来囚禁于虎门炮台。十月五日中央执行委员会第一百一十一次会议，提出“熊克武私通敌人、危害政府”案，决议将熊“先解除本会执行委员职务，听候本会审判”(李敖藏会议录原本)
所谓“私通敌人”指与陈炯明勾结，所谓“人证俱获”指有陈炯明手下张织万的供词，以及陈炯明给熊克武的亲笔信云。但关了两年之后，蒋介石兵力抵达上海，致电李济深释放熊克武等人，说是由于“共产党人诬毁所致”然而“人证俱获”的昭然罪状，却毫无共产党诬毁的痕迹。至少熊本人不以共产党诬毁为然，所以后来投了共，以民革中央副主席终。反而蒋介石诬毁老同志的政治动机，倒是十分昭然。熊是具有中央委员头衔的实力派军人，无论党、政、军以及革命背景，都在蒋之上，卧榻之旁岂容他人酣睡？蒋好不容易把许崇智请走，岂肯让熊克武再来插一脚？所以熊等一行，席未暇暖，蒋介石就迫不及待采取行动，诬毁熊等将领，导致已达粤北的川军北撤受损，再因失去领导而全军溃亡，削弱革命军的实力，在所不惜。蒋之得逞，再一次显示国府主席汪精卫犹未察蒋介石的野心，受其怂恿，任其所为。
蒋介石于拘捕川军将领之时，又大举东征，以周恩来为东征军政治部主任，欲彻底荡平陈炯明的武力。十月十三日下午两点起，开始总攻惠州，十四日下午四点半结束，整个攻城作业是俄国顾问加俄国大炮，象征陈炯明一生大业的最后据点——惠州，惠州夙称天险，有宋以来从未破城，就在外国现代大炮下击毁了。十月十七日的“土蔑”西报(hongkongtelegraph)报道说，鲍罗廷于惠州攻下次日，专车抵达石龙，转赴前线视察，蒋介石亲迎之于车站。国民党创办的黄埔军校得自俄国的帮助，俄国顾问前来培训，并且俄舰运来大批枪炮，早在一九二四年十月七日，第一艘运械俄舰直抵黄埔，运来“山炮、野炮、长短枪枝、轻重机关枪及各种弹药”(民国十五年以前之蒋介石先生第八册，页二)这次蒋介石借赤俄之刀，消灭了陈炯明，达到了斩草除根的心愿。他并不讳言苏俄的功劳，甚至还要拍马屁，说是“我们今天能够消灭叛逆，达到这个目的，大半可以说是苏俄同志本其民族的精神、国际的实力与其革命的使命，起来以至诚与本党合作，帮助我们中国的效力”更大言不惭地说，如果苏俄同志愿意指挥我们革命，我们亦愿意受他们的指挥；不但不足为耻，而且同列于世界革命党员的地位。(民国十五年以前之蒋介石先生第十三册，页二十；另参阅蒋介石年谱初稿，页四七三，未删改之原文)不足为耻吗？这种说法已经可耻，更可耻的是，蒋介石说此话实乃言不由衷的权术运用。
陈炯明失败下野后，整个广东的革命根据地好像是稳固了，其实第二次东征的捷报大大地稳固了蒋介石个人的权势。而适于此时，国民党准备召开第二次全国代表大会，最初在北京的中执会政治委员会电请各执委到京视孙中山病，并拟于五个月内在北京召开第二次全国代表大会。(见李敖藏第六十四次会议录原件)然于一九二五年三月五日召开的第六十六次会议上，胡汉民提议“为自由安全讨论党务起见”第二次全国代表大会应在粤开会，决议通过(见李敖藏原件)，汪精卫又以政治委员会主席名义，于十月三十一日致函再度肯定广州为中执会以及国民政府所在地，会议须在广州召开，终于一九二五年十二月四日发出二三一号通告，驳斥北京西山会议派“反革命”言论，强调“吾党之革命策略不出于联合苏俄”并“决定第二次全国大会会期为明年一月一日”(李敖藏原件)
当大会于一九二六年元旦在广州召开时，蒋介石与谭延闿二人具名，继汪精卫的政治报告与宋子文的财政报告之后，做军事报告。毛泽东则以代宣传部长做工作报告，此为蒋、毛同列重要政治会议之始。(见李敖藏出席第二次全国代表大会报告人员名单原件)
元月六日那天下午，蒋介石以“东征英雄”“身披斗篷大衣，足登高筒马靴，用浓重的浙江口音在会上做军事报告”(蔡德金汪精卫评传，页一o二)，极引人注目。报告完毕，由于东征胜利，全场欢呼，起立致敬(见政治周报第六、第七期合刊本)，在此声势下以高票当选为中央执行委员会常务委员，仅比中央政治委员会主席汪精卫少一票。汪蒋政军体制俨然形成。此前，蒋尚是一介武夫，党政地位在毛泽东之下，即第二次代表大会召开时，他亦非七人主席团之列，与权力核心还沾不上边。然而二大之后，蒋氏直线窜升，已是一人之下，万人之上了。但是抬轿子的大都是左派激烈分子，蒋是以“红色将军”的形象出线的。蒋与汪打得火热，口口声声“汪主席”、“汪党代表”汪对蒋亦别具青眼，以“练成真正的革命军队”相期许。蒋之“左”倾言论，亦赢得苏俄顾问的好感，以为出现了革命反帝的军事强人，可以达成统一战线的任务。哪里料得到，强人“逼宫”之势，已迫在眉睫了。