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袁绍弃官而去之后，董卓就更加嚣张了。现在董卓可以毫无顾忌地进行他的废立大计了。
三日之后，董卓请少帝与文武百官来到嘉德殿，说好听是商议废立皇帝，说难听点就是他董卓一个人的意思。百官到位后，董卓手握宝剑，对百官言道：“当今天子暗弱，不足以君临天下。今有策文一道，宜为宣读。”董卓当即就命令李儒大声读出策文。
李儒张着他那特有阴险的嗓音道：“孝灵皇帝，早弃臣民；皇帝承嗣，海内侧望。而帝天资轻佻，威仪不恪，居丧慢惰：否德既彰，有忝大位。皇太后教无母仪，统政荒乱。永乐太后暴崩，众论惑焉。三纲之道，天地之纪，毋乃有阙？陈留王协，圣德伟懋，规矩肃然；居丧哀戚，言不以邪；休声美誉，天下所闻，宜承洪业，为万世统。兹废皇帝为弘农王，皇太后还政，请奉陈留王为皇帝，应天顺人，以慰生灵之望。”
董卓早已等得不耐烦了，等李儒读完，董卓斥令御林军扶少帝下龙位，没收少帝临时雕刻的玉玺，向北面长跪，称臣听命。又把何后从后面拉出来也一起跪在地上，少帝与何后抱头痛苦，百官皆有不忍之色。
尚书丁管愤怒大骂道：“逆臣董贼，怎敢欺天之命妄谈废立天子大事，吾当以颈血溅之。”说完丁管就挥舞着象牙简向董卓冲去，董卓下令武士将丁管推出去斩首。丁管骂不绝口，至死神色不变。
董卓处理完丁管之后所有的大臣都安静下来了，没有一个人敢出去发言。董卓哈哈大笑，请陈留王刘协登上帝位，百官朝拜完毕，董卓下令把少帝、何后与唐妃软禁到永安宫，百官群臣没有董卓的命令谁也不能进入。陈留王刘协，表字柏和，乃灵帝中子，登基后是为汉献帝，改元初平，董卓为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿，威福莫比。
就这样，公元189年9月，董卓废少帝刘辩为弘农王，立九岁的陈留王刘协为帝，是为献帝。
董卓掌权之后，李儒就劝董卓重用当世名流，于是董卓就征当代名士蔡邕为官，但是蔡邕不想去，董卓恐喝道：“汝不来，当灭你九族。”蔡邕无法只好硬着头皮上了，董卓见到蔡邕之后也被他的才学所慑服，一月三迁其官。
少帝、何后与唐妃被软禁在永乐宫之后连最基本生活用度都极为缺少，一日少帝见一对燕子飞于庭中，少帝有感而发念出一首足以断头之诗：“嫩草绿凝烟，袅袅双飞燕。洛水一条青，陌上人称羡。远望碧云深，是吾旧宫殿。何人仗忠义，泄我心中怨。”有人把少帝的这首诗上报给董卓，董卓哈哈大笑道：“怨望作诗，杀之有名矣。”于是董卓就命令李儒带领武士把少帝、何后、唐妃鸩杀于永乐宫之内。
袁绍也是不甘寂寞之辈，袁绍传书与司徒王允道：“董贼欺天废主，人不忍言；而公恣其跋扈，如不听闻，岂报国效忠之臣哉？绍今集兵练卒，欲扫清王室，未敢轻动。公若有心，当乘间图之。如有驱使，即当奉命。”王允得书之后大喜，召集几个忠于汉室的大臣们商议，王允掩面痛哭道：“董卓欺主弄权，社稷旦夕难保。想高皇诛秦灭楚，奄有天下；谁想传至今日，乃丧于董卓之手：此吾所以哭也。”百官听后都掩面而哭。然有一人却一抚掌大笑道：“满朝公卿，夜哭到明，明哭到夜，还能哭死董卓否。”众人视之乃骁骑校尉曹操也，王允大怒道：“汝祖宗亦食禄汉朝，今不思报国而反笑耶。”曹操道：“我非笑它事，我笑众位大臣竟无一计杀董卓，操虽不才，愿即断董卓头，悬之都门，以谢天下。”王允大喜道：“孟德有何妙计可除董贼。”曹操道：“近日操屈身以事卓者，实欲乘间图之耳。今卓颇信操，操因得时近卓。闻司徒有七宝刀一口，愿借与操入相府刺杀之，虽死不恨。”王允想要除去董卓独揽大权怎会稀罕一柄宝刀，于是王允命人取来七星宝刀，递给曹操道：“孟德果有是心，天下幸甚。”曹操一拔出七星刀一看，上面金光闪烁，七颗宝石熠熠发光果然不愧为绝世宝刀，曹操拿着七星刀向众人拜别而去。
次日，曹操带着七星刀来到相府，问家丁得知董卓正在午睡，曹操大喜，吩咐家丁不要惊扰董卓自己进去便是。家丁见曹操也是董卓的心腹也不阻止他，曹操径直来到董卓面前，发现董卓正在睡觉毫无清醒之状，于是曹操慢慢的拔出七星刀，一步步的向董卓逼近。眼看就要得手之际，吕布正牵着一匹马进来，曹操也是个老奸巨猾之人，急忙跪地道：“操近得宝刀一把，特来献于恩相。”董卓也慢慢醒来，转身拿过宝刀一看见其刀长尺余，七宝嵌饰，极其锋利，果宝刀也。董卓命令吕布手下，董卓得刀大喜，带着曹操来看吕布牵来之马，曹操道：“果真西凉名马，愿借来一骑，不知恩相肯割爱否。”董卓得了曹操的七星宝刀了，现在曹操要求他送匹马给他哪里还会拒绝。董卓道：“孟德不用客气，此马就当赠你如何。”曹操大喜急忙牵马出相府快马加鞭往东南方而去。
曹操走后，吕布对董卓道：“义父，适来曹操似有行刺之状，及被喝破，故推献刀。”董卓也觉得可疑，正好这时李儒来了，董卓就把刚才之事告之李儒。李儒道：“操无妻小在京，只独居寓所。今差人往召，如彼无疑而便来，则是献刀；如推托不来，则必是行刺，便可擒而问也。”于是董卓就命令四名御林军前去召唤曹操。御林军回来道：“曹操不曾回府中，纵马飞出东门而去。”
董卓大怒道：“我如此重用于他，他竟反要害我。”于是董卓下令遍行文书，画影图形，捉拿曹操，擒献者，赏千金，封万户侯；窝藏者同罪。
此时，萧言在临淄得知此事，知道诸侯联盟共讨董卓之时快到了，于是萧言下令沮授驻守北海，从北海招回太史慈，集合麾下众人，随后将大本营移至济南，二十万大军驻扎在济南等待时机。