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闵妃一派为清政府事事干涉所苦，对袁世凯的不满早露端倪。他与大院君勾结，想剥夺闵妃实权的阴谋已是昭然若揭，使闵妃陷入深深的忧虑当中。为了保护自己，她只有以强化闵氏家族来建立自己的势力架构。所以，不论大小官职，闵妃一律任命给闵氏家族。
列举闵氏家族“泳”字辈的几个人来看，闵泳骏、闵泳达、闵泳焕、闵泳韶、闵泳国、闵泳植、闵泳祥、闵泳伟、闵泳哲、闵泳基、闵泳敦、闵泳州、闵泳宇、闵泳恕等，全都被授以判书或是参判或是监司以上的职位。
“泳”字辈的上一辈“镐”字辈与下一辈“植”字辈的闵氏家族，被任用者更是人数众多，其中闵泳骏、闵泳达、闵泳焕、闵泳韶等成为闵氏权势的“四大巨头”当时百姓用“一骏二达三焕四韶”形容国家朝廷大臣。
生为闵氏家族的成员，大体说来他们都带着飞黄腾达的共同征兆。而这些人一旦被国家任用，每个人不仅靠卖官鬻爵疯狂敛财，还在全国各地设立典圆局，任意制造钱币，忙着中饱私囊。
朝鲜人民在外患交迫、内政腐败的状况下，长期地过看痛苦的生活，诸闵官员不顾国家利益，只忙于享受荣华富贵，贪官污吏土豪劣绅对人民的敲诈压迫，愈来愈残暴。
值此混乱之际，在咸镜道地方发生了一件事，大大的刺激了日本人。咸镜监司赵秉植在自己所管辖的地方宣布了一种新的法令，叫作“防谷令”
原来日本商人在朝鲜收购粮食，通常是在庄稼收获以前，给朝鲜农民附有条件的贷款。契约规定，在收获后，农民应以收获全部或一部卖给日本商人。日本商人利用这种收购方式，一方面进行高利贷剥削，一方面又保证了在荒年也能从朝鲜输出大宗粮食。这种野蛮的掠夺，驱使农民走向贫穷和饥饿的深渊。
1889年，由于朝鲜有许多郡连年发生灾荒歉收，农民们坚决反对日本商人自朝鲜输出粮食，迫使咸镜监司赵秉植下达所谓“防谷令”不准卖任何农作物给日本人。
对于监司来说，担负着养活老百姓的责任，颁布这样的法令是理所当然的。但是，对于要从朝鲜输入米谷养活百姓的日本来说“防谷令”是个噩耗。日本商人也受到了打击，便催促日本政府出面向朝解抗议并要求赔偿。
闵氏政府最后解除了“防谷令”但不允赔偿，这件事拖延3年没有解决，后来日本任命大石为办理公使，积极向朝鲜政府交涉而仍然毫无结果。日本内阁总理伊藤博文遂致电李鸿章要求协助，电文中语气强硬：目前索赔不允，请袁世凯规劝朝鲜政府对我国赔本免息，否则我国将和朝鲜撤使绝交。后经袁世凯从中调解，以朝鲜政府向日本赔款11万两了结。
事件虽然按照日本人的意愿结束了，但是禁粮案在日本议会中引起不满朝鲜的激烈言论，日本政坛酝酿着对朝鲜采取强硬态度的氛围。
受饥荒所苦的百姓们对政府不当的措制感到愤慨，民乱就像燎原之火般，在全国各地开始爆发。南起庆尚道昌宁，北至咸镜道德原，一发不可收拾。然而，其中，江原道铁原与锦城地方，良民甚至攻击官厅，掠夺国家的财产。在平安道地方的成川与江界等地，官民共同发起暴动，平安监司闵柄石甚至逃到京城去。
紧接着禁粮之后，又发生刺杀金玉均事件。
金玉均、朴泳孝等人在“甲申政变”失败后逃亡日本，仍一面与朝鲜国内同党互通消息，一面与日本阴谋团体、军国主义分子相勾结，继续进行对朝鲜的颠覆活动。朝鲜政府屡次要求日本引渡金玉均等人，都被日本政府拒绝了。
1892年5月，朝鲜政府密令李逸植到东京主持谋杀金玉均、朴泳孝的活动。李逸植假装与金、朴亲近，伺机刺杀，但一时难于下手。这时候日本政府对于金、朴等人，不敢给予显著的支持，以免使日本在外交上处于不利地位。金玉均等人颇为失意，李逸植便乘机说动金玉均，不如依赖清政府之力，重返朝鲜，另辟途径。
1894年，金玉均听从了李逸植的劝说，决定先赶赴上海。金玉均前脚刚走，李逸植便命令刺客洪钟宇随行。金玉均—行抵达上海公共租界的第二天，洪钟宇即将金玉均刺杀了。中国上海当局将刺客洪钟宇及金王均的尸首解归朝鲜。朝鲜政府传令将金玉均尸身肢解示众，同时准备重用洪钟宇。
刺杀金玉均事件立刻在日本引起了强烈的反应，一些政客乘机煽动战争。早就和金王均等勾结的玄洋社，派人谒见掌握日本军事大权的参谋次长川上，川上即指示他们再住朝鲜“放火”制造较大的战争借口。玄洋社随即纠集军人策士等，组织成了所谓的“天佑侠”团，与原已潜入朝鲜的日本人联络，展开侵略朝鲜的活动。只在等待朝鲜境内的民乱扩大，就可决定出兵。
混乱不堪的朝鲜上空，已经战云密布，倏忽就会雷鸣暴雨。可是闵氏政府毫无察觉，袁世凯这时仍颇为自负，得意忘形，完全没有估计到朝解局势会发生什么急剧变化。
遍及朝鲜全境的民乱终于在1894年汇合为规模巨大的东学党起义。
东学党又称东学道、天道教，是朝鲜民间的秘密结社。创始人崔济愚，出生于朝鲜南部一个贫苦塾师的家庭。他曾游历四方，深知广大农民的疾苦和外国侵略者的先锋——天主教势力的扩张。1860年，他杂取儒家及释道学说教义，创立东学道，标榜“人乃天”的教义，与天主教所代表的“西学”相对抗。
崔济愚在贫苦的劳动人民中获得许多信徒，但是根据儒家学者的说法，东学道是妖言惑众的邪教，应该被世人所排斥。教祖崔济愚在高宗即位的1864年，在大邱监狱被判死刑。但是，族人崔时亨继承了他的事业，在官方搜捕迫害下，秘密进行宣传活动。
由于19世纪下半叶朝鲜民族危机加深，社会矛盾尖锐化，东学道信徒逐浙增多，遍及全国，而以朝鲜南部全罗、庆尚、忠清三道为中心。东学道组织扩大并不断强化，终于搭上抗拒暴政的民乱便车，有组织的展开东学党运动，而发展成一股革命势力。
1894年春间，金罗道古阜郡农民因郡守赵秉甲贪污，迫害人民而群情愤激，派代表赴全州，向全罗造观察使控拆，农民代表反被逮捕入狱。四月间，古阜郡东学道首领率领愤怒的农民群众，实行武装起义。袭击郡衙，杀死郡吏，夺取武器，打开仓库，把粮食散发贫民。
最初起义军派出了数名首领，去找政府要员呈递请愿书。他们的目的只是单纯的请求赦免第一代教祖崔济愚的原罪，并承认天道教本身为正当的宗教团体。但是，闵氏政府毫不犹豫地就拒绝了这种请求。随后，40余名的东学党成员大举前往京城，在王宫正门前展开连坐示威。这次在他们所列举的要点中，明白提出“济世安民”、“逐灭倭夷”、“尽灭权贵”的政治性要求。
起义者提出排除闵氏势力专断，换言之，东学党主张赶走闵妃与其党羽，以及应该拒绝所有外国侵略性的行为。他们的主张恰巧与大院君的主张不谋而合。
闵皇后看到东学党提出的要点与大院君的一致，大为慌张，将林圭镐、孙天民、孙柄熙等东学党首领全部逮捕，加以严罚。事态越发扩大，东学党人只有以武力对抗政府了。
于是东学党由全罗道古阜郡的东学道人全奉准为总司令，组织数千名东学军，每到一处便攻击当地官兵。当时，东学军向所有农民散发的檄文内容如下：
我们高举正义的大旗而起，只想解救百姓于涂炭之中，将国家置于磐石之上。对内，我们要严格惩罚被贪念所惑的贪官污吏；对外，我们要从这块土地上赶走被大清国、日本等外敌。不堪忍受贵族与富豪横行霸道之苦的农民们，遭受首领、方伯驱赶的下级官吏们，以及所有像我们一样怀着怨恨的人们，趁此机会，都一起加入斗争吧！如果错过这次机会，我们将永远无法脱离贫困、屈辱与苦难
东学军在起义之初，只以东学道教徒两千人组成的军队，从古阜郡开始和官兵争夺地盘。所到之处，东学道徒与非道徒农民纷纷起义响应，参加者还有当时受尽压迫和凌辱的奴婢等贱民和城市贫民，甚至还有一部分对当时社会不满而又失势的没落两班、儒生、乡班和地方胥吏。起义军驱逐地方官吏，搜出地主豪绅的钱粮，散发给贫劳人民。朝鲜政府派官军前去镇压，反被起义军击溃。
从高宗31年（1894）5月开始起义的全奉准东学军，所到之处胜利不断，如入无人之境一般横扫古阜、泰仁、南原、扶安、兴德、高敞、茂长、灵光等地。终于在当月末，不费一兵一卒就占领了全罗道的首府全州。一时朝鲜南部三道完全卷入农民起义的风暴中，朝鲜政府无力控制。东学军在这些地区建立起自己的军队组织，建立了自己的政权机关——执纲所。
政府对此大为恐慌，重新组织东学军的讨伐军。招讨使洪启薰带领讨伐军，约一千名用美国新式武器武装起来，又经美国教官训练的京师，也为随抵达全州。他们在得到人员和武器的补充之后，在强大炮火的掩护下，对全州城发起了多次进攻。数日间，两军展开了激烈的攻守战，全州城变成了一片火海。但是，东学军在城内百姓的大力支持下，顽强地守卫住了全州城，并且还多次冲出城外进行反击，每次都给京师以沉重的打击，致使讨伐军攻城的企图未能得逞。东学军方面也有很大的伤亡。
这时候，在麻浦别墅里过优闲日子的大院君，听到东学党席卷全罗道的消息，心中大为欢悦。因为东学党行动纲领中提出的“排除闵氏势力，驱逐倭寇洋夷”的口号，与自己平常的思想完全一致。大院君认为东学党起义是绝好的一次机会，立刻派心腹部下去全州，劝说全奉准带着东学军攻打京城。但是，这股来势汹汹的势力，在朝鲜当时复杂的国内、国际环境中，已超脱了大院君可以控制的范畴。东学军掀起的狂潮，将整个朝鲜卷入了动乱的游涡之中。
继官军在长城战斗中惨透失败的凶讯之后，又传来了在全州失利的消息，加之各道的农民起义象燎原之火燃遍全国，使闵氏政府大惊失色。更为严重的是，由于全国交通几乎完全断绝，而三南地区这个粮仓又陷入动乱之中，致使汉城的粮源被切断了。
为了挽救这危在旦夕的时局，镇压农民起义，闵氏政府首先想到的就是偷偷地请求大清国军阀出兵镇压农民起义军。为了赢得时间，一方面指使洪启熏同农民军暂时求得“媾和”另一方面封李元会为两湖巡边使，率领一千余名的京师开赴公州，以阻止农民军北上，并派严世永为三南廉察使南下，用自欺欺人的国王敕谕对农民军进行劝诱。
从朝鲜民乱之初，中日两国就时刻注视着朝鲜局势，对朝鲜发生的任何事件都非常敏感，而且彼此都增惕地提防看对方的行动。当金玉均被刺案发生时，传闻日本有派兵入朝鲜的企图，李鸿章即电告袁世凯探查，袁回电认为日本没有积极行动的可能。他在东学党起义初期，即有意于自动的派兵助朝“剿乱”欲借以促进中国的声威，同时为个人猎取功名权势。
李鸿章对于镇压东学党起义，维持受册封的李朝统治，是完全赞同的，这是清朝统治阶级的基本态度。但是李鸿章仍然有顾虑，怕中国出兵助剿会引起国际纠纷，特别害怕日本乘机出兵。因此他在东学党起义之初，并没有立即派兵的意思。但是东学党起义的声势大振，李鸿章改变了他的态度，同意出兵。此时，李鸿章收到了袁世凯的电报。袁世凯在电报中说，朝鲜政府已向他请求派兵援助，而且自己在和日使馆的翻译官郑永邦谈话时，郑永邦表示，日本希望中国速派兵剿乱，日本必无他意。
其实这是日本驻朝代理公使杉村浚根据日本政府的指示，派出去探询中方态度的探子。日本把东学党起义看成是侵略朝鲜千载难逢的机会，为了挑起侵略朝鲜的战争，而竭力怂恿清政府派兵入朝镇压起义，以作为日本乘机出兵朝鲜的口实。
其后杉村浚还亲自去见袁世凯，进行了类似的探询，袁世凯竟然信以为真，在给李鸿章的电报中说：日本只关心他在朝鲜经商的国民，除此之外好像并无居心。袁世凯这个错误的判断，加强了李鸿章派兵的决心。
之后，李鸿章又亲自面晤了日本驻津领事荒木，荒木早和国内统一口径，李鸿章对日本“必无他意”信以为真，遂决定同意派兵入朝，帮助朝鲜政府镇压起义。
几天之后，李鸿章接到朝鲜政府正式请兵的电文，便奏派叶志超、聂士成率淮军共约2500名分批入朝鲜，又命令丁汝昌派济远、扬威二舰赴仁川、汉城，一面又依照天津条约行文知照日本。李鸿章和袁世凯此时是相信日本不会派兵，纵使派了也易于对付，不会惹下太大的麻烦。足见他们不知道日本的阴谋。
中国派兵的照会送达日本外务省当日，日本政府即电令驻北京日使向中国递交日本派兵的照会。事实上，日本内阁早在几天前就决定出兵朝鲜，之前已借口护送在假期中的驻朝公使大鸟圭介返朝为名，派遣海、陆军到朝鲜。但是，日本装模作样，等待中国派兵照会到来时才正式照会中国，这正是日本外交的狡猾之处。
从中、日派兵开始时的若干迹象，显示情势非比寻常。
首先，中国出兵照会，以应朝鲜政府请求“保护属邦”为名，日本立即提出抗议，认为日本从未承认朝鲜为中国属邦。中国要求日本为保护使馆商民不必多派军队，不可进入朝鲜内地。日本即蛮横地宣称：日本派遣军队数量及行动，帝国政府自行决定，不受他国掣肘。态度十分强硬。
再者，中国派兵仅2500人，驻扎在牙山，而日本派出5000余人，其后陆续增兵达万余人，部分日军直赴朝鲜的首都汉城，分踞要害。同时，日本军舰八艘驻泊仁川。显然，为保护使馆及商民，完全没有动员如此巨大军事力量的必要。
这时候闵氏政府见中日军队云集，颇存戒惧，希望双方撤兵。而袁世凯也看出日军来势汹汹，情势不妙，便极力催促朝鲜政府设法阻止日本来汉城，并拟请驻朝各国使领出面干涉，均无效果。袁世凯只有与日使大鸟圭介直接进行谈判，双方约定之后均不再添兵。大鸟同意不再添兵，是日本外交上的策略，作为缓兵之计，以便在军事上从容部署。但是袁世凯和李鸿章却深借不疑，生了停止派兵的意思。
朝鲜政府请求撤兵的公函送抵李鸿章处，李鸿章即电告叶志超，命令军队暂驻牙山，原定增强部队也接到命令停止出发。
李鸿章的这个措施，既是对敌情错误判断，又表明他胆怯地企图避免中日纠纷。其结果使日本从一开始就在军事上占得了优势。日本外务大臣陆奥宗光的策略与李鸿章恰恰相反，在军事上一切皆欲先发制人，而且每一步都先于中国。日本军事先占一看，是此后外交交涉和战争中日本制胜的一个关键。
这时，东学党起义的状况也发生了变化。全州失守之后，招讨使洪启董奉闵氏政府之名，假惺惺地向农民军提出“媾和”这一招本是怀柔之技，意图缓和局势，等待清兵帮助。
他劝诱道，假若两军继续交战，王朝发祥的历史圣地全州必将变成一片废墟。不但如此，趁我国内乱之机，清军已在牙山登陆，日军也将在仁川登陆。如此发展下去，外国军队势必要进行干涉，不仅东学军将遭受重大牺牲，而且国家也将陷入更大的危机。因此，东学军如果撤出全州，京师也要立即撤离全州附近，以免同室操戈；而政府则设法促使外国撤回军队，并根据东学军的要求，立即实行各项政治改革。
当时，全奉准等人在全州战斗结束后，原准备重新整顿农民军，同忠清道一带的农民军会合，直取汉城。但是，在忠清道一带对农民军深有影响的东学教领导人崔海月一派，却极力反对农民战争的扩大发展。他们甚至向各地发出通告，声称：全奉准为国家罪人，师门之逆贼。这就使全奉准领导的全罗道东学军不得不暂时放弃北上。
全奉准等人也认为，清日两国军队以朝鲜的动乱为口实，开进朝鲜蹂躏践踏国土，是决不能容忍的。再则，他们也不能不考虑到，农民军在全州战斗中伤亡较大，加之农忙季节来临，多数农民归乡心切。在这种形势下，全奉准等人只好暂时接受官方提出的“媾和”要求，以便政府在农民军撤迟后，迫使外国军队立即撤离朝鲜，并按照农民的要求改革弊政。
于是，全奉准等人被闵氏政府所欺骗，政府方面假惺惺的以农民军提出的27条要求为蓝本，达成了所谓的全州和约。和约全文12条，其内容是：
一、荡涤东学道人与政府间的宿嫌，协力庶政事；
二、查得贪官污吏之罪目，一一严惩事；
三、惩办残暴富豪辈事；
四、惩罚不良儒林两班事；
五、烧却奴婶文书事；
六、改善七班贱人待遇，脱去白丁头上的平壤笠事；
七、许可青春寡妇改嫁事；
八、无名杂税一并勿施事；
九、官吏采用打破地阀登用人材事；
十、严惩与倭奸通者事；
十一、已往公私债务一并勿施事；
十二、土地平均分作事。
协议既定，起义军便暂时撤离全州城，日后逐渐瓦解。等到6月底，东学党起义基本平息了。
如果从朝鲜政府请求清朝派兵帮助镇压东学党起义这一点来看，此次入朝清军的作战目的基本达到。但由于日本乘机大肆派兵入朝，使得援朝清军和入朝的日军处于严重的军事对峙状态。
朝鲜政府被日军突如其来的大举出兵吓得得魂飞魄散。朝鲜政府立即声称农民暴动业已平息，要求清日两军同时撤退。中国也认为乱事已平定，为使日军退去，即根据天津条约的规定，要求中日两国同时撤兵。但是日本的政策是乘机排斥中国在朝鲜的势力，独霸朝鲜，自然不会同意。
高宗和朝鲜政府通过各国驻汉城的外交使节，特别是通过当时在朝鲜以“朋友”自居的美国公使，敦请美国等各国政府出面给予斡旋，促使日军立即撤退。然而，美国人却支持日本侵略者入侵朝鲜的行径。
日本以保护使馆及侨民的名义派兵，现在使馆和侨民的安全已不成问题，中国又愿撤兵，日本如坚持不撤兵，师出无名，势必会引起国际舆论的不满。日本政府为扭转这种不利局势，提出一项提案，电令日本驻津领事通知李鸿章。提案的内容为：农民暴动尚未平息，中日两国军队应共同镇压朝鲜乱民。平定后，为改革朝鲜内政起见，中日两国派常驻委员驻朝鲜，调查财政，淘汰官吏，并设置必要之警备兵，以保持国内的安宁。
很显然，日本是借这个中日共同改革朝鲜内政的要求，难住清朝。日本政府明知这个要求必定不为中国所接受，在提出提案的同时已经决定，不论与中国协商的结果如何，在朝鲜政府导致农民暴动的腐败内政得到“改革”之前，决不撤兵；如果中国政府不赞同这个提案，日本政府要独力担任朝鲜政事改革。
中国自然不会接受这个提案。此时朝鲜局势极为紧张，中、日、美、英、法、俄等国军舰十艘集结济物浦港口。从仁川到汉城，沿途日军把守要害，盘查行人。日本政府训令大鸟不得撤兵，并相机使日军继续开赴汉城。战争大有一触即发之势。
在中国方面，自中日朝鲜问题争端发生，李鸿章就把解决的希望寄托在国际调停上。他先是挽请俄国，继而挽请英国出面调停。幻想通过俄英的干涉来制止日本侵略。
然而，英国在看到日本开战决心已定，并在得到了日本有关日军“不在长江下游上海及其附近地区为战争运动”的保证后，决心支持日本，最终拒绝了李鸿章的要求。俄国看到日本背后有英国支持，也不愿卷入中日朝鲜问题的纷争，最后也拒绝了李鸿章的调停建议。
李鸿章重外交、轻军事的作法，引起大清国朝野上下的严重不安和舆论的不满。以光绪帝师翁同龢为代表的一部分官僚力主增兵朝鲜，抗击日本侵略。翁同龢曾多次呼吁增兵朝鲜，占据要隘，以绝对优势兵力压倒日本，认为只有这样，日本方肯撤兵，紧张局势才可能有所缓和。
李鸿章在挽请俄英调停相继失败之后，迫于国内主战派压力，才匆匆忙忙作军事布署，第二次不情愿地对朝派遣了清军。少部分增援驻守牙山的清军，大部分则向平壤集结，以便同日军展开决战。
在此期间，日本侵略者毫不迟延地在朝鲜制造有利形势。就在李鸿章积极进行联俄之时，日本加紧向朝鲜向朝鲜增加兵力，并千方百计地制造挑起战争的借口。日本政府密令日本驻朝鲜公使大鸟圭介：“目前形势表明开战已不可避免。务须不择手段地制造开战之借口。”
当中国拒绝了中日共同改革朝鲜内政提案之后，日本人就单独地开始了非法行动。6月26日，日本公使单方面地要求高宗“改革内政”7月4日，大鸟根据日本政府给他的机密训令，向朝鲜政府提出改革内政的五大纲领26条目，详细规定了有关用人，行政，兵制，币制等项“改革”甚至连兴办学校、铁路都包括在内。这个强加于朝鲜的“改革方案”实质上是欲借此把朝鲜完全控制在日本手中。
而且，大鸟还逼迫朝鲜政府在三天内制订出实行“改革方案”的具体措施，十天内付诸实行。而当时这个所谓的“改革方案”类似“敷设汉城至各通商口岸间的铁路，架设足以联系全国各主要城市的可靠的通信网”等条款，均是无法在限期之内实现的。
但是，正如日本侵略者自己所承认的那样，他们的目的在于“故意提出这些在限期内无法实行的改革条款，如被拒绝，或是在限期内未能付诸实现，就可以此反诬朝鲜政府没有改革内政的诚意，为日本人能以行使武力，颠覆朝鲜政府，由他们自己独力着手进行改革制造借口。”